認定NPO法人は、特定の非営利活動法人（これがNPOの意味です）の中で、ある一定の基準を満足するものとして管轄庁の認定や仮認定を受けることができた認定NPO法人・国税庁長官の認定が受けられた旧認定NPO法人の両方のことです。
国税庁長官からの認定を受ける認定制度は、２０１２年３月３１日で廃止されることとなりましたが、旧制度に基づいて国税庁長官の認定が受けられた旧認定NPO法人に関わる認定の有効期間などは、引き続き旧制度が適用されることとなります。

このような認定NPO法人などに対して、その認定NPO法人の特定の非営利活動に関わる事業関連の寄附金を出す場合は、その寄付金額を、一般の寄附金に関わる損金算入限度額とは別に、特定の公益増進法人への寄付金額との合計を損金算入限度額の範囲内で損金額に算入されることになります。それに、特定公益増進法人と認定NPO法人に対する寄付金額（公益法人などからの支出は除外）の合計の中で、上記で損金額に算入されなかった金額は、一般の寄付金額に含まれることになります。

この規定の適用対象になるためには、認定NPO法人などへの寄附金を出した日が含まれる事業年度の確定申告書に、「寄付金の損金算入に関わる明細書」を添えると同時に、その寄附金が認定NPO法人などの特定の非営利活動に関わる事業に使われた寄附金であることを、その認定NPO法人などが証明する書類も保存しておいてください。