２０１１年以降、個人が認定NPO法人などに、対象法人が行い特定の非営利活動にかかわる事業と関係のある寄附金を出す場合は、出した年度分の所得控除として寄付金控除の対象になるか、以下の計算式で算出された金額について税額控除の対象になるかどちらかの有利な法を選ぶことが可能です。
特別控除額の計算式はこのとおりです。

（その年中に出した認定NPO法人など寄付金額の合計－２千円）X４０％＝認定NPO法人などへの寄附金特別控除額：１００円未満の額数は切りすて

＊認定NPO法人は、特定の非営利活動法人の中で、その事業活動と運営組織が適正であることと公益の増進の投資について一定要件を満足するものとして国税庁の長官の認定をもらった認定特定非営利活動法人のことです。２０１１年６月からはこの認定に新たな制度が整備され、これからは国税庁長官ではなく都道府県・指定都市の長からの認定が必要で、この新たな制度で認定・仮認定をもらった特定の非営利活動法人にその認定や仮認定の有効期間内に支出した寄附金にかんして、２０１２年度分の所得税から、所得税額の特別控除と寄附金控除の適用対象になることができます。
＊「その年中に出した認定NPO法人など寄付金額の合計」は、その年度分の総所得金額などの４０％の相当の額数が限度になります。また、この控除対処寄付金額と控除対象下減額（2000円）は、寄付金控除・公益社団法人など寄附金特別控除の適用対象になる寄附金額がある場合は、対象寄附金額の合計を控除した残額と見なします。
＊税額控除の限度額は、公益社団法人など寄附金特別除額との合計額で判定することになります。ちなみに、政党など寄附金特別控除の税額控除の限度額は、これとは別枠で判別します。

この控除の適用の為には、確定申告書に控除の対象としたい金額に関してその控除に対する記載があって、同時に寄附金の明細書、寄附金を受領したという事実、その受領年月日、受領額、寄附金が認定NPO法人の主な目的の事務に関係するという事実などを証明する書類を確定申告書に添えて提出してください。